Durante la seconda guerra mondiale ebbe base a Messina. Fu impiegato in pattugliamenti e caccia antisommergibile nello Stretto di Messina ed in missioni di scorta di breve durata lungo le coste orientali della Sicilia.

Il 22 giugno 1940 fu protagonista di una prima ed infruttuosa azione antisommergibile.

Il 16 luglio dello stesso anno l' Albatros , in navigazione al largo di Augusta , fu fatto oggetto del lancio di alcuni siluri da parte del sommergibile britannico Phoenix : dopo aver evitato le armi, la nave italiana passò al contrattacco con bombe di profondità , affondando il Phoenix con tutto il suo equipaggio di 55 uomini in posizione 37°15' N e 15°15' E .

Funse inoltre di scorta al grande transatlantico Rex nel suo ultimo viaggio che lo portò da Genova (da dove partì il 6 giugno 1940) a Pola e da lì, il 15 agosto, a Trieste.

Il 27 settembre 1941 l' Albatros fu silurato dal sommergibile britannico Upright e s'inabissò 8 miglia a nordovest di Capo Rasocolmo, non lontano da Messina.

Complessivamente l'unità aveva svolto 57 missioni di guerra, principalmente nelle acque siciliane e nel Mar Ionio.